公诉转自诉案件不适用反诉制度。公诉转自诉案件其实是对机关、行为的一种审查，是一种监督纠错机制。它本质上仍是公诉案件，只不过赋予了被害人自诉的救济权利，因此是不允许反诉的。
1被害人认为自己的合法权益受到犯罪行为的侵害，向机关报案和求助，机关积极受理，进行必要的侦查，帮助被害人减轻和挽回损失是应当的，也是职责所在。经查明行为人所犯之罪不属于公诉罪而属于告诉才处理的犯罪的时候，机关应当即行停止刑事追究，根据刑事诉讼法第15条作出撤销案件的决定，并依照法律有关管辖的规定，告知被害人有权决定是否向人民提出起诉。人民直接受理的自侦案件遇到同类情况也应当按照这一原则处理。
2人民对机关移送起诉的案件，如果机关是直接以告诉罪移送起诉的，或者移送起诉是公诉罪，但经审查认为是告诉罪的，应当以管辖错误，依照刑事诉讼法第142条之规定，作出不起诉决定。如果这种情况人民是在审查批准逮捕中遇到，则应以同样的理由作出不批准逮捕的决定。
根据刑事诉讼法的规定，自诉案件分为三种：一是告诉才处理的；二是被害人有证据证明的轻微的刑事案件；三是被害人有证据证明被告人侵犯自己人身、财产权利的行为依法应当追究刑事责任，而机关或者人民不予追究的案件。
法律依据
《刑事诉讼法》
第一百八十条 对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民申诉，请求提起公诉。人民应当将复查决定告知被害人。对人民维持不起诉决定的，被害人可以向人民起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民起诉。
